消化系统的主要功能是分解摄入的食物，从而被人体吸收。 食物分解流水线开始于口腔。通过舌头的推动和牙齿的咀嚼把食物碾磨成小块颗粒为下一步化学消化做好准备。口腔中唾液腺分泌的唾液中含有淀粉酶(amylase)。淀粉酶可以将淀粉分解成更小的分子，即单糖和二糖。在胃中淀粉酶还能持续作用大约30分钟。 当咀嚼完全后，舌头会将其推向口腔后部，形成食物团并吞下。吞咽的力量使食物通过咽喉进入食道(esophagus)。通过蠕动(peristalsis)食物团块在食道中逐步向下移动而进入胃。蠕动是一组食道壁非随意平滑肌的收缩过程。首先环形肌舒张，纵形肌收缩，然后环形肌收缩，纵形肌舒张。 胃由三层非随意平滑肌重叠构成。这三层肌肉收缩的机械力可以使食物更加细腻。 胃壁的内层黏膜中有数以万计的小腺体分泌胃液。胃液中含有胃蛋白酶(pepsin)和盐酸。胃蛋白酶是胃中最初消化食物中蛋白质的一种酶。胃蛋白酶在胃液的酸性环境中活性最高。胃液的pH值为2.胃的内壁黏膜分泌胃黏液以形成保护膜避免被自身的消化酶和强酸腐蚀。 食物在胃中大约停留2-4小时，然后进入小肠。小肠(small intestine)是一条直径约2.5厘米长约6米的肌性管道。起始的25厘米段称为十二指肠。胰腺(panereas)、肝脏(liver)和胆囊(gallbladder)分泌的含酶消化液均通过开口于十二指肠的腺管进入小肠。食物的消化过程主要在小肠内完成。 胰腺是一个柔软的扁平状腺体，主要分泌消化酶和激素，用以分解碳水化合物、蛋白质和脂肪。胰液呈碱性，可以中和食物液中的酸，抑制蛋白酶的进一步作用。 肝脏对于消化的一种功能是分泌胆汁(bile)。胆汁在肝脏中产生，通常存储在胆囊中，通过腺管进入十二指肠，以分解脂肪。 食物流质在小肠中大约停留3-5小时。小肠的蠕动使其沿着小肠移动。小肠内壁黏膜上有很多乳头状突起的绒毛(villus)。绒毛极大地增加了小肠的内表面积。被消化后的食物的小分子通过扩散作用由绒毛的毛细血管上皮细胞吸收而进入循环系统。 小肠内不能被消化吸收的食物进入大肠(large intestine)。大肠也叫结肠，是一条直径约6.5厘米长约1.5米的肌性管道。水和矿物质被肠壁吸收，同时大肠中的厌氧菌能合成维生素也被吸收。 在大肠内约经过18-24小时后，食物残渣便进入直肠(rectum)，最后通过肛门排出。
