欧洲2000年制定的第二个共识意见在治疗方面和第一个共识意见最大的不同是肯定了RBC在H.PYLORI根除治疗中的作用，明确的将RBC短程三联疗法和PPI短程三联疗法并列推荐为一线治疗方案。这次共识意见还推荐PPI、铋剂、甲硝唑和四环素组成的四联疗法作为二线治疗方案。如果没有可用的铋剂，应选用PPI为基础的三联疗法作为二线治疗方案。大多数与会者认为，为了在含甲硝唑的二线四联疗法根除H.pylori治疗中得到更好结果，应该避免在一线治疗中应用甲硝唑，在一线方案中应该首先选用PPI/RBC与克拉霉素、阿莫西林联合的三联疗法作为一线疗法，而不是与克拉霉素、甲硝唑联合使用。克拉霉素与甲硝唑联合应用时，低剂量克拉霉素250mg每日2次就足够了，但结果的变异性较大，因此将500mg作为推荐剂量。青霉素过敏病人应避免使用阿莫西林，饮酒病人应避免使用甲硝唑。

Maastricht-2共识意见推荐的H.PYLORI根除治疗方案：
一线治疗方案为：PPI (RBC) bid + 克拉霉素500mg (C) bid ＋阿莫西林1000mg bid (A) 或甲硝唑500mg bid (M)，至少服用7天。偏爱选择CA，因为治疗失败后应用PPI四联二线治疗时，CA治疗失败者疗效较CM好。

治疗失败时可选用二线治疗方案：PPI bid + 次枸橼酸铋/次水杨酸铋120mg qid + 甲硝唑500mg tid + 四环素500mg qid，至少服用7天。如未能获得铋剂，应用PPI 为基础的三联疗法。

再次治疗失败时应根据每一病人的具体情况处理。 基层医疗机构二线治疗失败者应转诊。