H.pylori的全基因序列已经明了，设计合成与相应基因互补的核酸片断为引物或探针，进行体外基因扩增或杂交，直接检测H.pylori DNA，用于临床诊断可获得极高的敏感性和特异性，用于基础研究也可检测细菌的蛋白表达、致病机制及分子流行病学研究。

聚合酶链反应（polymerase chain reaction, PCR）是利用两条与靶DNA两端互补的寡核苷酸引物，在DNA聚合酶的作用下，合成特异性DNA片断的体外扩增技术。可用于PCR检测的临床标本有胃黏膜活检组织、脱蜡后的组织切片、胃液、牙菌斑、粪便等。尽管PCR对模板的要求不高，但很多快速提取法提取的DNA样品因杂质过多，对DNA聚合酶可能有抑制作用，使得结果的重复性较差。PCR检测H.pylori的敏感性和特异性虽然很高，但并非100%。应选择文献已经报道并经试验证实其特异性的引物；此外，假阴性多由于模板量过少或反应中存在Taq酶抑制剂，常见于检测粪便[1]、牙菌斑及组织切片标本时；假阳性则主要由于污染，特别是产物污染所造成的。
基于PCR的技术，如随机扩增的多态性DNA分析、PCR产物的酶切分析及单链构型多态性分析被用于H.pylori的分型鉴定，并区分不同来源的H.pylori。这些方法敏感、快速、具有稳定的可重复性，主要用于治疗后菌株复发和再感染的鉴别，特别在H.pylori感染的分子流行病学研究中具有重要价值。

实时荧光定量PCR（real-time PCR）技术近年来在H.pylori检测中的应用倍受关注，由于该技术实现了PCR从定性到定量的飞跃，与普通PCR相比特异性更强、并有效解决PCR污染问题、且自动化程度高，目前已成功的用于胃黏膜标本中的H.pylori特异基因（如尿素酶基因等）、耐药基因（如克拉霉素耐药相关23S rRNA突变位点等）及宿主CYP2C19酶基因多态性的检测。此类检测将在高H.pylori耐药水平地区开展个体化根除治疗时，被用于指导抗生素和质子泵抑制剂（PPI）药物的选择。

原位杂交是利用对H.pyloriDNA特异的基因探针，与待检标本杂交，从而检出H.pylori感染。所用的探针包括合成的寡核苷酸探针、克隆的H.pylori特定基因的标记探针、PCR扩增中掺入标记单核苷酸的到的产物探针。目前，原位杂交技术除用于H.pylori感染的诊断，更多的应用于基础研究中，如细菌与为黏膜关系的研究、治疗前后胃内细菌形态变异体的鉴定。