人们试图对Hp进行生物学分型，但是一直没有找到科学、可靠的分型标准，所以，迄今尚无成熟的分型标准。尽管对蛋白质的SDS-PAGE及对全菌DNA的指纹分析会显示菌株之间的微细差异，但并不实用。近年来在PCR技术的基础上出现了RAPD(random amp1ified polymorphic DNA)[93]和RELP（restriction fragment length polymorphism）[83]两种识别Hp不同菌株的技术，可为Hp的流行病学调查提供有效的方法[94]。
1．随机扩增多态性DNA分析（Random amplification polymorphic DNA, RAPD）
（1）原理 以人工合成DNA分子片段作为随机引物，以纯培养的Hp基因组DNA为模板，通过PCR反应进行多态性DNA片段的随机合成。不同Hp菌株基因组存在高度变异，导致不同菌株DNA分子与某一随机引物相互补的反向平行序列的分布不同，从而使PCR产物增加、减少或分子量大小不同呈现多态性变化以区分不同菌株。
（2） 注意事项
① RAPD 分析引物是随机引物，并非Hp特异引物，所以该方法需要纯的细菌培养物。如有其他细菌或细胞将影响最终结果。
② 引物很短，易出现假带，应严格控制条件，并设阳性或阴性对照
（3）RAPD技术特点
① RAPD不需了解基因序列方面的信息，技术简单，灵敏度高；
② 具有稳定的可重复性；
③ 不同菌株产生完全不同的指纹图谱，可准确区分不同来源的Hp和进行菌株复发和再感染的鉴别，较PCR产物酶切分析方法更准确。
2．核酸限制性片段长度多态性分析（RFLP）[95]
（1） 原理
核酸RFLP最根本的依据是一个生物体基因组结构的独特性和具有能被限制性内切酶特异识别的分布不同核苷酸序列。
（2） 两种基本方法
① 限制性酶切片段的分布图象：某些DNA片段被分离、复制，然后被适当的限制酶切，进行电泳分析。不同的DNA序列会产生不同的电泳图谱。
② 当进行有限拷贝或单拷贝DNA分析时，限制性酶切产物的检测可以通过DNA探针与特异的碱基序列想结合进行检测，利用放射自显影或免疫荧光法进行观察。
（3） 特点
DNA-RFLP分析是一种鉴别不同生物的遗传标记及独特遗传特征的工具。